咖啡是全球最受欢迎和消费最多的饮料之一，咖啡因是其最著名的成分，也存在于许多其他饮料（茶、软饮料、能量饮料）、食品（可可、巧克力、瓜拉那）、运动补充剂甚至药品中。除了咖啡因，咖啡中还存在许多其他成分，无论是对健康有益的（绿原酸、多酚、二萜、微量营养素、类黑素、纤维）还是不有益（未过滤咖啡中的脂质，或咖啡豆烘焙产生的丙烯酰胺）。

目前的观点是，咖啡/咖啡因的摄入量对人类具有多种健康益处，至少在特定人群中（具有特定的遗传特征或患有特定疾病），但对不同器官和系统的具体影响以及所涉及的机制还远未明确。此外，在当前以可持续发展为目标的背景下，咖啡植物Coffee sp.及其迄今为止相对被忽视的副产品预计将很快成为新功能食品的成分来源，其特性需要精确确定。

由于胃肠道是第一个与摄入的咖啡接触的身体系统，Iriondo-DeHond 等人回顾了咖啡及其成分对肠壁不同成分（粘膜、肌肉层、肠神经系统）、不同胃肠道器官、整个胃肠道和脑-肠轴的影响， 只是发现咖啡及其衍生物对该轴健康的影响（不仅影响胃肠蠕动性，通透性和敏感性，还影响从情绪到神经变性的完整中枢神经功能和疾病）尚未得到深入研究。

高剂量的红牛是一种在运动员中流行的能量饮料，含有咖啡因，牛磺酸和葡萄糖等化合物，可增加近海平面的心率。然而，高剂量的这种饮料在急性短期缺氧（模拟高海拔条件）期间不会加重心动过速。作者证明，这种饮料可显著增加缺氧期间肺分流分数，而不会改变肺血流分布。这种饮料不同成分的具体贡献仍有待确定。

三项研究根据遗传多态性评估了咖啡消费与代谢、内分泌或心血管疾病风险的关系。利用韩国基因组和流行病学研究（KGES）的数据，Jin等人确定了5种与韩国人群习惯性咖啡消费相关的单核苷酸多态性（SNP），与具有主要等位基因的黑咖啡消费者相比，这些SNPs的轻微等位基因的黑咖啡消费者患糖尿病前期和2型糖尿病的风险最低.Han等人也利用KGES的数据发现，腺苷受体（参与咖啡因信号传导）基因家族中的遗传变异亚群以性别依赖的方式调节咖啡摄入量对血脂异常风险的影响。在第三项研究中，Liu等人发现，在携带TRIB1（tribbles假激酶1，一种参与胆固醇代谢和动脉粥样硬化过程的基因）GG基因型的台湾成年人中，饮用咖啡与冠心病风险降低显着相关。这三个遗传学研究的例子强烈表明，在预防和管理代谢、内分泌和心血管疾病时，咖啡摄入量的膳食指南应考虑遗传多态性的影响。

摄入咖啡因可以降低女性中风、痴呆和抑郁症的风险，以及男性患帕金森病的风险。然而，它可能会增加男性和女性青春期的睡眠障碍和焦虑症.他们建议，在神经系统和精神疾病的情况下，咖啡因的使用应根据性别（和年龄）进行个体化。另一方面，Nowaczewska等人回顾了咖啡因在偏头痛中的模糊作用。他们没有发现任何科学证据表明单剂量的咖啡因可能会引发偏头痛，尽管它可能会影响偏头痛（即，通过其在前兆症状期间的血管收缩作用）。长期过度使用咖啡因可能导致偏头痛慢性化，突然戒掉咖啡因可能会引发偏头痛发作。因此，根据作者的建议，偏头痛患者应通过保持一致的每日摄入量（不超过200mg）来避免咖啡因戒断性头痛。